İç Kontrol Şube Müdürlüğü aşağıdaki fonksiyonların yerine getirilmesinden sorumludur;
a) İdarenin gelir, gider, varlık ve yükümlülüklerine ilişkin malî karar ve işlemlerinin; İdare bütçesi, bütçe tertibi, kullanılabilir ödenek tutarı, harcama programı, finansman programı, merkezi yönetim bütçe kanunu ve diğer malî mevzuat hükümlerine uygunluğu ve kaynakların etkili, ekonomik ve verimli bir şekilde kullanılması yönlerinden kontrolünü yapmak,
b) İdare harcama birimlerinin kanunlara ve diğer düzenlemelere uygun olarak faaliyet göstermesi konusunda danışmanlık yapmak,
c) Amaçlar ile sonuçlar arasındaki farklılığı giderici ve etkililiği artırıcı tedbirler önermek,
ç) İdarenin iç kontrol sisteminin kurulması, standartlarının uygulanması ve geliştirilmesi konularında çalışmalar yapmak,
d) Malî konularla ilgili mevzuatın uygulanması konusunda üst yöneticiye, harcama yetkililerine ve Mali Hizmetler Dairesi Başkanı’na gerekli bilgileri sağlamak ve danışmanlık yapmak,
e) İdarenin harcama birimlerinde tereddüt oluşturan mali karar ve işlemler hakkında görüş bildirmek, 
f) Başkanlıkça gerekli görülmesi halinde mali konulardaki düzenleme ve kararların İdare harcama birimlerince uygulanması hususunda açıklık getirici ve yönlendirici yazılı bilgilendirmeler yapmak.
g) Ön Mali Kontrol İşlemlerine tabi harcama belgeleri üzerinde ön mali kontrol görevini yapmak,
ğ) Mali Hizmetler Dairesi Başkanı tarafından verilen ve mevzuat tarafından öngörülen diğer görevleri yerine getirmek.